Pierwsze informacje o Chwalibogach pochodzą z 1766 r. W 1767 r. wystawiono dla tej wsi przywilej lokacyjny. 23 trzech chłopów otrzymało 35 łanów i 15 mórg chełmińskich ziemi. Gospodarzenie na wydartych lasom ziemiach szło źle. Dopiero melioracje poprawiły sytuację.
W trakcie I wojny światowej Chwalibogi znalazły się na głównym szlaku cofającej się spod Nidzicy armii rosyjskiej. O świcie 30 sierpnia 1914 r. żołnierze niemieccy zaatakowali znajdujących się w Chawlibogach Rosjan. W wyniku tego starcia do niewoli dostało 17 oficerów i 980 żołnierzy rosyjskich żołnierzy.
Gust. Bausan Kannweisen Kr. Ortelsburg 2.7.77. Lst. Batl. Allenstein XX
Ernst Napierski "Glanatigaon" Pflug - Fabrik Kannwiesen Kr. Ortelsburg Ostpr.
21 stycznia 1945 r. żołnierze rosyjscy podpalili wieś. W tym i w kolejnych dniach spłonęła ponad połowa zabudowań.
Na przełomie lat czterdziestych i pięćdziesiątych wieś wysiedlono i włączono ją w obręb poligonu w Muszakach.
Cmentarz ewangelicki założono w XIX w. Położony jest w lesie ok. 250 m na północ od środka wsi. Powierzchnia ok. 37 a. Cmentarz zniszczony i rozkopany. Zachowały się resztki dwóch mogił wojennych. Spoczywa tu 4 żołnierzy armii niemieckiej i 16 niezidentyfikowanych żołnierzy armii rosyjskiej, poległych 30 sierpnia 1914 roku.
