Na północ od Kipar, po prawej stronie drogi do Łatanej Wielkiej, znajduje się fragment średniowiecznego wału podłużnego oddzielającego w XI–XIII wieku Mazowsze od ziem pruskich. Kipary miały istnieć już w roku 1590, kiedy to Jan Kostka ze Szkotowa otrzymał tu 26 włók. W roku 1579 wieś była wzmiankowana jako Hans Keypers Gut. W roku 1615 rodzina Kostków zamieniła ziemię w Kiparach na grunty w Łynie. Wieś, nie licząc 5 łanów, została wówczas opuszczona.
Kipary ponownie lokowano 24 maja 1701 roku na 15 włókach. Zasiedliło je wówczas 15 chłopów szkatułowych. Półtorej włóki było nieopodatkowane, a z pozostałego areału osadnicy byli zobowiązani płacić co roku 2 talary i 60 fenigów od włóki. Mieli również obowiązek pomagania w polowaniach w pobliskiej puszczy. Pierwszym sołtysem był prawdopodobnie Christoph Ezioch lub Cziock (chodzi o tę samą osobę, której nazwisko jest różnie odczytywane przez historyków), który otrzymał również przywilej prowadzenia karczmy. W roku 1717, po epidemii dżumy, sołtysem i karczmarzem w Kiparach został Jan Kositzki, który od karczmy płacił rocznie 1 talara i 70 fenigów podatku.
W roku 1774 Friedrich Daniel, karczmarz z Wielbarka, otrzymał pozwolenie na prowadzenie cegielni, która znajdowała się na północny wschód od wsi. Z wytwarzanej tu cegły wznoszono budynki w pobliskim Wielbarku. W połowie XVIII wieku wieś dotknął wielki pożar. Kolejny pożar wybuchł w roku 1908 – spaliło się wówczas pięć pokrytych słomą budynków. W połowie XIX wieku cegielnia należała do Mathiasa Walpuskiego, który w roku 1850 planował budowę młyna na Lejkowskiej Strudze. Cegielnia działała tu jeszcze przed I wojną światową. W roku 1852 majątek Walpuskiego, leżący na północ od Kipar i na zachód od Łatanej Wielkiej, otrzymał nazwę Birkenthal.
W roku 1774 w Kiparach było 184 mieszkańców w 32 gospodarstwach. W roku 1781 sytuacja 21 gospodarzy w Kiparach była zła – brakowało im drewna budowlanego i opałowego, a siano musieli sprowadzać z Polski. Było tu wówczas 27 dymów. W roku 1788, w wyniku podziału Lasów Korpelskich, wieś została powiększona. W roku 1858 wieś liczyła 42 chałupy i 62 włóki gruntów, w tym sporo lasu.
11 sierpnia pod Kiparami doszło do jednej z pierwszych potyczek pomiędzy żołnierzami niemieckimi i rosyjskimi.
W latach dwudziestych XIX wieku do szkoły w Kiparach uczęszczało około 25 uczniów. Na przełomie lat 1849 i 1850 zbudowano drewnianą szkołę, a na początku XX wieku wzniesiono nowy budynek szkolny z czerwonej cegły.
Pod koniec XIX wieku prasa pisała o poszukiwaniu w okolicach Kipar węgla brunatnego. Gospodę przed I wojną światową i w latach dwudziestych XX wieku prowadził tu Julius Loch.
W rodzinie katolickiej w Kiparach urodził się 11 września 1893 roku polski działacz plebiscytowy – Michał Gajkowski. Był synem Franciszka i Wilhelminy Perlowskiej. Nie wiadomo, kiedy Gajkowscy pojawili się na Mazurach. Pod koniec XIX wieku byli tu już dobrze osadzeni i posiadali spore gospodarstwo. W trakcie plebiscytu za Niemcami oddano tu 228 głosów, za Polską – 2. W roku 1938 mazurską nazwę wsi – Kiparren – zmieniono na Wacholderau.
Kipary leżą blisko granicy, w związku z czym znajdował się w nich budynek celny i posterunek żandarmerii. Stosunki pomiędzy mieszkańcami Kipar a Polakami żyjącymi po drugiej stronie granicy były z pewnością częste. W roku 1811 Kipary pojawiły się nawet w korespondencji księcia Józefa Poniatowskiego z Fryderykiem Augustem I, dotyczącej naruszenia granicy pruskiej przez polski oddział. We wsi chronili się również uciekinierzy z Polski.
W latach trzydziestych XX wieku dokonano regulacji Omulwi oraz melioracji okolicznych gruntów, dzięki czemu znacząco zwiększył się areał i jakość dotychczas użytkowanych tu gruntów. W roku 1939 było tu 38 gospodarstw rolnych, z czego 21 o areale od 20 do 100 hektarów oraz jedno o areale przekraczającym 100 hektarów.
Warto też dodać, że w pobliżu wsi rosły pomnikowe jałowce.
Gruss aus Kiparren (Ostpr.) Dorfstrasse, Schule, Gasthaus Julius Loch.
Pozdrowienia z Kipar. Wiejska ulica, szkoła i gospoda Juliusa Locha.
Verlag: Otto Bader, Ortelsburg. 1928 r.
Ze zbiorów M. Rawskiego.
